خدمات عمومی در بررسی و آنالیز زهر حشرات و بندپایان

  • طراحی و بررسی ویژگی و اختصاصیت پرایمر
  • استخراج DNA و RNA و پروتئین
  • تعیین غلظت ، خلوص و یکپارچگی اسید نوکلئیک استخراج شده
  • انجام تکنیک های PCR :
  • Real Time -PCR کیفی و کمی
  • RT – PCR
  • Nasted – PCR
  • PCR – RFLP
  • الکتروفورز بر پایه ی ژل آگاروز و پلی آمید
  • تصویر برداری  از ژل توسط Gel Doc
  • انجام SDS-PAGE و Western Blot
  • بررسی میزان خلوص
  • بررسی میزان پروتئین موجود
  • HPLC

خدمات آزمایشگاهی

۱- استخراج DNA از میکروارگانیسم ها، خون، رده های سلولی، بافت تازه، بافت پارافینه:

استخراج DNA به دو روش فنول کلروفرم , salting out یا با استفاده از کیت های تجاری در ازمایشگاه انجام می شود. در روش فنل کلروفرم ابتدا با استفاده از اب مقطر سرد طی سه مرحله گلبول های قرمز را لیز کرده سپس با استفاده از محلول lysis buffer که حاوی دترجنت های غیر یونی است به همراه پروتئیناز K غشای گلبول های سفید و هسته سلول را هضم کرده سپس با استفاده از فنل و کلروفرم پروتئین ها را هضم و DNA را وارد فاز ابی میکنند. در نهایت به وسیله الکل  مولکولهای آب از اطراف DNA  دور شده و کلاف DNA تشکیل می شود. این DNA  استخراج شده در آب حل  و غلظت ان را به وسیله دستگاه نانودراپ اندازه می گیرند.

۲- استخراج RNA از میکروارگانیسم ها، خون، رده های سلولی، بافت تازه در آزمایشگاه ژنتیک مولکولی:

مطالعه و آنالیز تغییرات بیان ژن در شرایط آزمایشی مختلف، و نیز در شرایط فیزیولوژیک مختلف، یکی از مهمترین محورهای تحقیقات در بسیاری از آزمایشگاه های زیست شناسی مولکولی در سراسر دنیا است. مطالعه بیان ژن در مطالعه سرطان، سلول های بنیادی، تکوین و جنین شناسی، بیماری ها و شرایط ژنتیکی خاص، میزان آلودگی ویروس هایی مثل HIV، HBV و… کاربرد دارد.

در آزمایشات مرتبط با بررسی  بیان ژنها ، ماکرومولکول مورد مطالعه RNA است. آزمایشگاه ژنیران، خدمات استخراج RNA ازخون،  بافت، رده سلولی، باکتری، و بافت های گیاهی را ارائه می دهد. خدمات استخراج RNA، با ترایزول(Trizol) و یا با کیت های تجاری از کمپانی های BIORAD ، QIAGEN ، ThermoFisher، و دیگر برندهای مطرح دنیا انجام می شود.

۳- تعیین غلظت و خلوص اسیدهای نوکلئیک با دستگاه خوانش OD یا NanoDrop:

دستگاه نانودراپ قادر است در حجم بسیار کم مثلا ۲ میکرولیتر غلظت اسید های نوکلئیک را بر حسب ng/µl تعیین کند. همچنین با تعیین نسبت جذب نوری اسید های نوکلئیک ( DNA, RNA) در ۲۶۰ نانومتر به جذب نوری در ۲۸۰ نانومتر(جذب پروتئین ها) و جذب نوری در ۲۶۰nm به جذب نوری در ۲۳۰ نانومتر(جذب نوری مواد الی همچون فنول) به ترتیب میزان الودگی پروتئینی و الودگی مواد الی را بسنجد.

۴- سنتز cDNA:

یک مرحله حدواسط در مطالعات بیان ژن، سنتز cDNA است. سنتز cDNA با عمل آنزیم ترنسکریپتاز معکوس (reverse transcriptase) انجام می شود. در این فرآیند، RNA استخراج شده از نمونه، به  cDNA(complementary DNA) تبدیل می شود. در این فرایند از پرایمرهای عمومی oligo(dt) یا Random Hexamer استفاده می شود. چنانچه از پرایمر oligo(dT) استفاده شود، تنها mRNA ها در فرایند سنتز بعنوان الگو مورد استفاده قرار می گیرند. چنانچه از پرایمر Random Hexamer استفاده شود، تمام محتوای ترنسکریپتوم بعنوان الگو مورد استفاده قرار میگیرد. خدمات سنتز cDNA در آزمایشگاه با استفاده از کیت های تجاری از برترین برندهای حال حاضر انجام می شود.

۵- انواع PCR از قبیل ARMS-PCR, PCR-RFLP, RT-PCR:

واکنش زنجیره ی پلیمراز  (PCR: Polymerase Chain Reaction) یا پرکاربردترین تکنیک در زیست‌شناسی مولکولی است که به منظور تکثیر یک یا چند قطعه قطعه DNA با توالی خاص به تعداد زیاد به کار می‌رود. این تکنیک در سال ۱۹۸۳ بوسیله کری مولیس ابداع شد. اساس روش PCR سنتز آنزیمی یک رشته DNA به وسیله DNA پلی مراز است که در چرخه های دمایی متعدد انجام می گردد.این چرخه ها به تریب شامل مراحل واسرشت شدن DNA دورشته ای، اتصال پرایمرها به جایگاه هدف خود روی DNA تک رشته و سپس تکثیر DNA به وسیله انزیم Taq polymerase و ساخت رشته جدید است.

با استفاده از این تکنیک می توان پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی (SNP) و جهش ها را به وسیله روش های ARMS-PCR,PCR-RFLPو tetra ARMS-PCR تشخیص داد.

۶- بررسی کمی ژن ها (relative and absolute) با Real-Time PCR و انالیز داده های آن در آزمایشگاه ژنتیک مولکولی:

Real-time PCR همچنین qRT-PCR نیز خوانده می شود، یکی از حساس ترین ابزارهای مورد استفاده در زیست شناسی مولکولی است. حساسیت بالا، کاربری گسترده، و تکرارپذیری بالاباعث شده است که این روش در سراسر دنیا در آزمایشگاه های زیست شناسی مولکولی جایگاه ویژه ای را کسب کند.

به دلیل اضافه شدن سایر گرین (SYBR Green)، در تیوب واکنش real-time PCR، امکان مشاهده پیشرفت واکنش را بصورت انلاین و در زمان واقعی فراهم می کند. اما آنچه که real-time PCR را بسیار ارزشمند ساخته است، فقط این نیست. با این روش PCR، امکان آنالیز کمی تغییرات بیان ژن فراهم شده است. با به دست آوردن گراف تکثیر (amplification plot) و تنظیم حد آستانه (threshold) می توان سیکل آستانه (Ct) را برای هر نمونه بدست آورد. با بدست آوردن Ct برای ژن های مورد مطالعه  و نیز یک Ct برای یک ژن رفرنس (مرجع یا housekeeping) بعنوان کنترل داخلی، می توان دلتا سی تی(Ct∆) و سپس دلتا دلتا سی تی (Ct∆∆) را محاسبه کرد. نهایتا با محاسبه fold change می توان میزان تغییرات بیان یک ژن در نمونه های مورد مطالعه را بصورت کمی گزارش کرد. آزمایشگاه ژنیران انواع خدمات آزمایشات real-time PCR، آنالیز نسبی ( relative  qRT-PCR) و مطلق (absolute qRT-PCR)  را با استفاده از سایبر گرین و پروب های هیدرولیزی TaqMan ارائه می کند.

۷- خدمات ژنوتایپینگ با روش High Resolution Melting (HRM):

تکنیک HRM یک تکنیک قدرتمند جهت تشخیص جهش ها  و پلی مورفیسم ها و تغییرات اپی ژنتیک در نمونه DNA است. همچنین این تکنیک سریع و مقرون به صرفه بوده وبا دستگاه Real-time PCR به سادگی قابل انجام است که همین امر باعث مزیت این تکنیک نسبت به روش های سکانسینگ و TaqMan شده است. در این روش از رنگ های فلورسنتی مخصوص که در حالت ازاد هیچ تشعشعی ندارند اما در صورت متصل شدن به DNA دورشته ای از خود نور فلورسنت ساتع می کنند استفاده می شود. پس از انجام PCR کم کم به DNA دما می دهند تا شروع به دناتوره شدن کند. با ذوب DNA مولکول های رنگ از آن جدا می شود و در نتیجه شدت فلورسانس افت می کند. قطعات با طول یکسان چنانچه حتی در یک نوکلئوتید متفاوت باشند دمای ذوب متفاوت خواهند داشت.

۸- الکتروفورزافقی و عمودی (ژل اکریل امید) و رنگ آمیزی نیترات نقره:

در روش الکتروفورز قطعات DNA به علت بار منفی گروه فسفات در برابر میدان الکتریکی از قطب منفی به سمت قطب مثبت حرکت می کنند و براساس اندازه از هم تفکیک می شوند. به این ترتیب که هرچه طول قطعه کوتاه تر باشد قادر است مسافت بیشتری را در ژل طی کند و برعکس. الکتروفورز افقی معمولا بر روی ژل آگارز انجام می شود و پس از رنگ آمیزی با اتیدیوم بروماید و یا موادی نظیر Safe Stain در دستگاه ژل داک تحت نور UV باندهای PCR قابل مشاهده هستند.

PAGE (Polyacrylamide Gel Electrophoresis) الکتروفورز با قدرت تفکیک بسیار بالا حتی تا چند جفت باز است که در روش های ARMS-PCR, PCR-RFLPو tetra ARMS-PCR می توان جهت تفکیک باند ها و تشخیص ژنوتایپ از آنها استفاده کرد. ژل اکریل امید شامل پودر اکریل امید و بیس اکریل امید به همراه بافر TBE است که کاتالیزورهای TEMEDو امونیوم پراکسی دی سولفات جهت تسریع واکنش پلیمریزاسیون به آن اضافه می شود. جهت رنگ آمیزی ژل الکتروفورز ابتدا نمونه ها را به وسیله الکل و اسید استیک فیکس کرده سپس با محلول نیترات نقره رنگ آمیزی و در نهایت به وسیله محلول ظهور NaOH باندها قابل رویت خواهند شد.

در این آزمایشگاه خدمات الکتروفورز عمودی و افقی با کیفیت بسیار مناسب ارائه می شود.

This post is also available in: English